Shapiro descubrió que éste proceso innato se podía reproducir de forma voluntaria en consulta. Ello se consigue gracias a diferentes formas de estimulación bilateral. En los dos lados del cuerpo a través de movimiento oculares alternos, toques, estimulación auditiva, etc. Gracias a esto se consigue resincronizar los dos hemisferios del cerebro, así como una mayor actividad en varios núcleos cerebrales como son el cíngulo, el tálamo, etc. Favoreciendo todo ello una respuesta adaptativa a los acontecimientos traumáticos.

La técnica supone trabajar en comprender las raíces de las experiencias traumáticas, y en elaborar un plan de trabajo global para eliminar su influencia en el presente. En 2012, el Comité Revisor de los Protocolos de la Organización Mundial de la Salud (OMS) aprobó formalmente la recomendación para emplear el protocolo EMDR en adultos y niños con Trastorno por Estrés Postraumático (TEPT). Además se puede llevar a cabo para abordar una amplia gama de problemas con el trauma y el estrés, ansiedad, ataques de pánico y fobias, enfermedades crónicas y problemas médicos, depresión, trastornos bipolares y psicóticos, trastornos disociativos, trastornos alimentarios, duelos y pérdidas, dolor, ansiedad por el rendimiento, trastornos de personalidad, violencia y abuso físico, sexual y emocional, trastornos del sueño, abuso de sustancias y adicción.